สภาพภูมิประเทศทั่วไปของพื้นที่ที่จะประกาศเป็นอุทยานแห่งชาติขุนน่านเป็นพื้นที่ต้นน้ำชั้น 1 เอ ลักษณะพื้นที่เขาสูงชันสลับซับซ้อน ติดต่อกันเป็นเทือกเต็มพื้นที่ มีระดับความสูงตั้งแต่ 600-1,745 เมตรจากระดับน้ำทะเลเฉลี่ยปานกลาง โดยมียอดดอยผีปันน้ำในเทือกเขาผีปันน้ำ ในท้องที่ตำบลดงพญา เป็นดอยที่สูงที่สุด สูงประมาณ 1,745 เมตรจากระดับน้ำทะเลเฉลี่ย เทือกเขาที่สำคัญในพื้นที่ได้แก่ เทือกเขาภูฟ้า เทือกเขาขุนน้ำว้าน้อย เทือกเขาน้ำว้ากลาง และเทือกเขาผีปันน้ำ เป็นต้น ไม่มีพื้นที่ที่เป็นที่ราบบนภูเขาที่สามารถ นำมาใช้ประโยชน์เป็นพื้นที่เกษตรกรรมอย่างถาวรได้ มีลำน้ำว้า อันเป็นลำน้ำสายใหญ่และสำคัญ ไหลผ่านกลางพื้นที่ในแนวทิศเหนือไหลลงทิศใต้ มีระยะทางการไหลผ่านพื้นที่ประมาณ 25.5 กิโลเมตร ต้นกำเนิดของลำน้ำว้าเกิดจากเทือกผีปันน้ำบริเวณบ้านน้ำว้าในตำบลบ่อเกลือเหนือ นอกเขตพื้นที่ที่จะประกาศเป็น อุทยานแห่งชาติขุนน่าน ที่บ้านสะปัน ตำบลดงพญา ผ่านกลางพื้นที่ไปออกพื้นที่ที่จะประกาศเป็นอุทยานแห่งชาติ ขุนน่าน ที่บ้านผาสุข ตำบลภูฟ้า ลำห้วยสำคัญที่ไหลลงน้ำว้า ได้แก่ น้ำปาด น้ำปัน ห้วยตี๋ ห้วยห้า และน้ำแปด เนื่องจากพื้นที่ที่จะประกาศเป็นอุทยานแห่งชาติขุนน่าน ตั้งอยู่ในภาคเหนือพื้นที่อยู่ระหว่าง เส้นรุ้ง ที่ 02-32.5 องศาเหนือ ระหว่างเส้นแวง ที่ 27.2-48.4 องศาตะวันออก ซึ่งเป็นพื้นที่บริเวณเกือบเหนือสุดของประเทศ สภาพภูมิประเทศเป็นเขาสูงสลับซับซ้อนเป็นที่สูง โดยอุณหภูมิของอากาศในพื้นที่จะอยู่ที่ ประมาณระหว่าง 1-7 องศาเซลเซียสในช่วงฤดูหนาว และประมาณ ระหว่าง 28-33 องศาเซลเซียสในช่วงฤดูร้อน และโดยที่พื้นที่นี้มีป่าไม้และภูเขารอบด้านห่างไกลจากชุมชนเมืองใหญ่อากาศบนพื้นที่นี้มีป่าไม้และภูเขารอบด้านห่างไกลจากชุมชนเมืองใหญ่อากาศพื้นที่จึงมีความบริสุทธิ์ แจ่มใส สดชื่น เกือบตลอดทั้งปี ดังนั้น พื้นที่ที่จะประกาศเป็นอุทยานแห่งชาติขุนน่าน จึงมีความเหมาะสมที่จะเป็นสถานที่พักผ่อนหย่อนใจ โดยเป็นสถานที่ตากอากาศ รับอากาศสดชื่น ที่ปราศจากมลพิษในอากาศเป็นเวลานานๆ สภาพพื้นที่ของอุทยานแห่งชาติขุนน่านประมาณร้อยละ 90 ปกคลุมด้วยป่าดิบเขา ส่วนที่เหลือเป็นป่าดิบชื้นและทุ่งหญ้า ชนิดพันธุ์ไม้และพืชพื้นล่างที่พบในป่าดิบเขา ได้แก่ ก่อเดือย ก่อแป้น ก่อน้ำ ก่อตาหมู ก่อนก กำลังเสือโคร่ง มณฑาป่า จำปีป่า หว้า ผักกูด มอส และกล้วยไม้ดิน สำหรับป่าดิบชื้นซึ่งจะพบบริเวณริมน้ำ ริมห้วย และตามร่องเขาที่มีความชื้น พันธุ์ไม้และพืชพื้นล่างที่พบได้แก่ ยาง กระบาก มะหาด มะยมป่า ไผ่บง ไผ่ฮก หวาย ตาว และเถาวัลย์ชนิดต่างๆ สัตว์ป่าที่สำรวจพบในพื้นที่อุทยานแห่งชาติขุนน่านได้แก่ เก้ง เลียงผา หมูป่า ชะมด หมี เม่น กระรอก กระแต ไกป่า เป็นต้น รถยนต์ จากอำเภอบ่อเกลือ จังหวัดน่าน ไปตามทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1081 (บ่อเกลือ-เฉลิมพระเกียรติ) ประมาณ 4 กิโลเมตร เลี้ยวขวาเข้าที่ทำการอุทยานแห่งชาติขุนน่าน